拉卡拉POS机刷1000元所扣的手续费，主要取决于交易类型（如信用卡刷卡、储蓄卡刷卡或扫码支付）以及可能存在的其他因素（如商户类型、交易量、交易风险等）。以下是根据不同交易类型所对应的手续费大致估算：

一、信用卡刷卡

1. 标准费率：
   • 一般情况下，拉卡拉POS机刷信用卡的手续费率为0.6%。
   • 因此，刷1000元信用卡，手续费大致为1000元 × 0.6% = 6元。
2. 特殊费率：
   • 对于部分特殊商户或交易量较大的商户，拉卡拉可能会提供更为优惠的费率。
   • 但具体费率需要商户与拉卡拉进行协商，并签订相关合同。

二、储蓄卡刷卡

1. 标准费率：
   • 储蓄卡刷卡的手续费率为0.5%，且有20元封顶。
   • 因此，刷1000元储蓄卡，手续费为1000元 × 0.5% = 5元（但由于有20元封顶，实际手续费仍为5元，不会因交易金额增加而超过20元）。

三、扫码支付

1. 标准费率：
   • 对于微信、支付宝等主流扫码支付方式，拉卡拉POS机的费率通常为0.38%。
   • 因此，扫1000元码支付，手续费为1000元 × 0.38% = 3.8元。

四、其他因素

• 除了上述标准费率外，拉卡拉POS机的手续费还可能受到商户类型、交易量、交易风险等因素的影响。
• 商户在使用POS机时，应密切关注费率变化，并确保费率政策的合规性。

综上所述，拉卡拉POS机刷1000元所扣的手续费，在一般情况下，信用卡刷卡为6元，储蓄卡刷卡为5元（封顶20元），扫码支付为3.8元。但具体费率可能因商户类型、交易量等因素而有所不同，建议商户在使用POS机前与拉卡拉进行确认。